Kaynağı M.Ö 5.000'li yıllarda Tibet uygarlığına dayandığı düşünülen ve Japon Budisti olan Dr. Mikao Usui tarafından yeniden ortaya çıkarılmış ve bir şifa tekniği halinde sunulmuştur. 19. Yüzyılın başlarında Dr. Mikao Usui uzun yıllar Tibet'te yaptığı araştırmaların sonucunda, inzivaya çekildiği bir dönemde meditasyon yaparken Reiki bilgisine ulaştığı, ölümünden sonra yapılan anıtta yazmaktadır.
Reiki bilgisine ulaşan Dr. Mikao Usui 1922'de Tokyo'da bir klinik açmıştır. Bu klinikte reiki enerjisiyle işleyen şifa tekniklerini uygulamış ve sadece uygulamakla kalmamış bu teknikleri insanlarla paylaşmıştır. Usui sadece Tokyo'da değil ülkesinin diğer bölgelerine de giderek Reiki bilgisini insanlara aktarmıştır ve bu seyahatler sırasında 62 yaşında vefat etmiştir.
Usui, Reiki şifa yöntemlerini uygulamak üzere kurduğu organizasyona "Usui Reiki Ryoho Gakkai" adını vermiştir. Ölümünden sonra da bu organizasyonun liderliği devam ettirilmiş ve halen Japonya'da işlevini sürdürmektedir.
Usui'nin sahip olduğu şifa yeteneğinin korunması için bu yeteneği Fizik Profesörü Dr. Chujiro Hayashi'e öğretti. 1938 yılında bu sistemi Hawaii'ye götürerek buradaki öğrencisi Hawayo Takata'yı öğretmenliğe insiye etti. Bayan Takata Reiki'yi Batıya tanıtan kişidir. Bayan Takata ölümüne (1980'e) kadar yirmi iki Reiki üstadı yetiştirdi. Batıdaki Reiki pratisyenlerinin büyük çoğunluğu bu yirmi iki kişinin öğrencileridir ve hepsi Takata'ya, Hayashi'ye ve Usui'ye bağlanırlar. Şuan ise Reiki dünyada yaklaşık 2 milyon insan tarafından uygulanan bir şifa yöntemidir.
bsp; Reiki Master'ları, yıllar içinde kendi sezgilerini ve algılarını kullanarak; şifa bulmak isteyenlerin ve ruhsal gelişimlerini sürdürürken Reiki ile çalışanların gereksinimlerine cevap veren yeni teknikler geliştirmişlerdir. l